种香菇需要防治的害虫有螨类、眼菌蚊、瘿蚊、跳虫、线虫及蛞蝓和白蚁。常见的病虫害包括菌丝培养阶段的竞争性杂菌,如菌袋感染链孢酶、青霉、黄曲霉、木酶等;菌丝或鲜子实体受到白蚁、线虫、蛞蝓,以及干菇储藏期的谷蛾、谷盗等侵害。