向日葵锈病的发生主要受环境因素和管理因素的影响。在7月至8月底期间，甘南县降水量较多，平均24小时降水量可达60毫米以上，为锈病提供了良好的滋生环境。春季时，某些孢子病毒以担子孢子的形式寄生在植株中，导致大规模侵害子苗，进而污染土地和向日葵作物。梅雨季节中，细菌大量滋生，气候条件、温度系数和湿度参数超过正常环境的承载额度，导致有害孢子大量繁殖，损害植株根系和茎系功能，进而引发锈病。
该病的发生与上年累积菌源数量和当年降雨量密切相关，尤其是幼苗和锈孢子出现后，降雨对其流行起重要作用。进入夏孢子阶段后，雨季的早到会导致多次重复侵染，常引发该病流行。在向日葵开花以后的子实形成期间，气温在20~22℃、相对湿度100％时，夏孢子大量形成和传播，造成锈病流行，向日葵迅速枯死。