1、选用抗病品种。
2、加强田间管理，增施有机肥及磷钾肥；喷洒植宝素7500倍液，或多效好4000倍液，增强寄主抗病力。
3、棚室保护地于发病初期开始喷撒5%加瑞农粉尘剂或7%防霉灵粉尘、5%灭霉灵粉尘剂，每亩次1公斤；也可选用15%克菌灵烟霉剂(速克灵十百菌清)，每亩200克熏治。
4、收获后及时清除病残体，集中烧毁。
5、发病初期喷洒30%绿叶丹可湿性粉剂500—1000倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或40%克菌丹可湿性粉剂500倍液、77%可杀得可湿性粉剂400-500倍液、12%绿乳铜乳油600倍液、50%混杀硫悬浮剂500倍液，隔10天左右1次，连续防治2—3次。
6、合理轮作：与非寄主作物，如十字花科蔬菜，谷物等实行3年以上轮作。
7、发病前防治：在番茄灰叶斑病易发时期，可用75%百菌清可湿性粉剂800倍液+70%代森锰锌可湿性粉剂600倍液喷雾预防。
8、发病后防治：发病初期，及时用10%的苯醚甲环唑水分散粒剂1500倍液+70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液混合喷雾防治，或25%嘧菌酯悬浮剂1500-2000倍液，或43%氟菌·肟菌酯悬浮剂3000倍液喷雾防治。