番茄晚疫病的防治方法主要以农业防治和化学防治为主。首先种植抗病品种，再进行轮作换茬，加强田间管理，合理密植。在疫病大范围发生时，喷洒农药是防治疫病最有效的方法，但要注意喷洒药液要及时、周到，以防为主。
种植抗病品种，与非茄科作物实行3年以上轮作，合理密植，采用配方施肥技术，加强田间管理，及时打杈。发现发病中心病株后，可选用普力克、杀毒矾、银法利等药剂防治。可用甲霜灵锰锌或乙磷铝锰锌或甲基托布津等防真菌性药剂防治，5天一次，连防2-3次。用药的时候用量看使用说明书，以上限为准。白粉病、炭疽病、早(晚)疫病等病害，可用可杀得3000药2000—3000倍液叶喷，或嘧菌酯1000—1500倍液叶喷，每隔5—7天连续喷两到三次，可以根治。
调控好棚内温度：冬季，番茄容易产生僵果，尤其是长期连阴雨雪天气，光照少，夜温高，白天番茄叶片制造的养分少，而夜间消耗又大，往往形成的僵果就多。发病初期适当控制浇水，保护地栽培注意增强通风，降低空气湿度。培育无病壮苗，增施有机底肥，注意氮、磷、钾肥合理搭配。收获后彻底清除病株落叶。
化学防治：田间发现中心病株后及时清除病部，在周围3-5米立即喷药，可选用50%烯酰吗啉可湿性粉剂1500倍液、35%精甲霜灵乳剂1000倍液、64%噁霜·锰锌(杀毒钒)可湿性粉剂400-500倍液、69%安克锰锌可湿性粉剂600倍液或72.2%霜霉威盐酸盐(普力克)800倍液，每隔3-5天喷1次，连喷2-3次，封锁发病中心；如果病害继续扩展，可选用上述药剂全田喷施，5-7天1次，连喷3-4次。