病毒在多年生宿根杂草上越冬，主要通过蚜虫、植株间汁液接触及农事操作等传播至寄主植物上；烟草花叶病毒随病株残余组织遗留在田间越冬，也能吸附在种子上越冬并成为初侵染源，主要通过植株间汁液接触及整枝打杈等农事操作传播至寄主植物上，从寄主伤口侵入，进行多次再侵染。辣椒病毒病毒源植物分布很广，土壤和种子均可带毒，成为初次浸染源。一般辣椒品种间发病程度区别较大，辣味椒较甜味椒抗病，果实尖的或锥形品种较灯笼形品种抗病。另外导致植株抗病性减弱的气候条件(高温干旱)、缺钙钾等因素均易导致该病发生。
花椒苗圃中发现病苗后，应及时拔除，集中烧毁，防止扩展蔓延。花椒嫁接时，应选用无病枝条作接穗，或选用无病、花叶病是世界性病毒病害，也是花椒重要病害之一，严重危害了花椒的产量和质量。辣椒花叶、条斑病毒病主要表现为花叶、叶片黄化、叶片畸形、叶片和果实坏死等症状。发病条件一般是有传播媒介即刺吸式口器的害虫，蚜虫，灰飞虱，白粉虱，烟粉虱等，也可农事操作传播。空气相对干燥有利于病毒病的发生。病害发生与气温关系密切，遇到高温干旱天气，易促进蚜虫传毒而导致病毒流行。此外，连作地、肥力差的地块发病重。
选种抗病、耐病品种，采用10%磷酸三钠溶液浸种并用种衣剂+新高脂膜进行拌种处理，能有效灭杀有害病菌，隔离病毒感染，加强呼吸强度，提高种子发芽率。施足水肥，适期播种。分别在花蕾期、幼果期、果实膨大期喷施辣椒壮蒂灵，增强植株营养匹配功能，果蒂增粗，防止落叶、落花、落果，使椒体发育健壮，増其抗病能力。灭蚜防病。在蚜虫发生期间，用73%克螨特乳油(或2.5%溴氰菊酯乳油，或2.5%功夫乳油)+新高脂膜进行喷施，防治蚜虫、蓟马、螨类等害虫，切断病毒病的传染源。