苹果树的生长速度较慢，不易长出新枝，尤其是结果后的树，剪枝时需格外注意。一般可在冬天落叶之后到春天发芽之前进行剪枝，此时苹果树完全进入不生长阶段，剪枝可减少病死枝、枯死枝对植株养分的消耗，且不影响过冬和来年发芽，还能保温并促进枝芽分化。
剪枝时需根据苹果树的生长年限调整方法。对于刚种下的幼枝，若生长旺盛，可适当剪短长枝干，节省养分，促进主枝生长。对于成年果树，需剪除过密枝、枯枝和病枝，多留侧枝，以调整树形。对于主要枝干，可采用环割方法控制养分疏松，促使多开花。若果树长势不佳，需进行重剪以刺激生长，剪枝时从饱满叶芽处开始，多留两侧侧枝，少留背下枝，果实多留大枝上的，少留小枝上的。
想要苹果树结出更多更大的果实，仅冬季剪枝是不够的，还需在结果时及时梳果，摘除过密果实，否则会影响生长，导致果实小而减产。