每批畜禽调出后要彻底清扫干净,用高压水枪冲洗,然后进行喷雾消毒或熏蒸消毒。据试验,采用清扫方法可以使畜禽舍内的细菌减少21.5%,清扫后再用清水冲洗,细菌数可减少54%~60%。清扫、冲洗后再用药物喷雾消毒,细菌数可减少90%。用化学消毒液消毒时,消毒液的用量一般为每平方米面积用1~1.5升药液。消毒时,先喷洒地面,然后墙壁,由离门远处开始,喷完墙壁后再喷天花板,最后开门窗通风,用清水刷洗饲槽,除去消毒药味。在进行畜禽舍消毒时,也应将附近场院及病畜禽污染的地方和物品同时消毒。畜禽舍除保持干燥、通风、冬暖夏凉外,平时还应做好消毒。一般分两个步骤进行:第一步先进行机械清扫;第二步用消毒液。畜舍及运动场应每天打扫,保持清洁卫生,料槽、水槽干净,每周消毒一次,圈舍内可用过氧乙酸做带畜消毒,0.3%~0.5%做舍内环境和物品的喷洒消毒或加热做熏蒸消毒(每立方米空间用2~5毫升)。畜禽圈舍消毒,一般先用扫帚清扫并用水冲洗干净后,再用消毒液消毒,用喷雾器喷洒圈舍、地面、墙壁、天花板,然后开门窗通风,用清水刷洗饲槽、用具等。畜禽养殖场圈舍消毒包括物理消毒和化学消毒,具体有空圈舍消毒、带畜禽圈舍消毒、舍外通道消毒、生产区办公区消毒、畜禽尸体消毒等。畜禽养殖场的畜舍消毒通常包括:粪污的清除和冲洗,消毒药的喷洒及熏蒸,养殖用具的清洗消毒,及环境卫生的管理等。