番茄灰霉病的防治应采取综合措施，包括农业防治和药物防治。在农业防治方面，应优化田间管理，确保良好的通风和透光条件，降低湿度。同时，加强肥水管理，保持植株健康，及时清除并销毁病株和病果，收获后进行彻底清园和土壤翻晒，以减少病菌来源。
在药物防治方面，首先要在苗期管理上下功夫，合理安排浇水时间，控制水量，并在浇水后及时通风以降低湿度。栽培管理上，采用高垄覆膜栽培，防止积水，合理通风，避免高湿环境，及时清除病株，减少菌源。发病初期，可选用如48％福·菌核可湿性粉剂500倍液、40％嘧霉胺悬浮剂800～1000倍液等药剂进行喷雾防治，每隔7天左右喷一次，连续2～3次。此外，注意栽培密度不宜过大，低温高湿天气要加强通风，保持棚内较高温度，延长放风时间，控制浇水，发病后及时摘除病枝、病叶、病果，并集中深埋。