严格进行种子检疫，严禁从病区调入种子。从无病植株上采种，切断种子带菌途径。清除病残株，与非茄科作物实行3年以上的轮作。种子消毒采用温汤浸种，用52℃热水浸种30分钟，或70℃干热灭菌72小时。
发病初期喷施冠菌铜、农用链霉素或新植霉素，7天喷1次，连喷2～3次。植株发病初期用72%硫酸链霉素4000倍液、新制霉素4000倍液、20%叶枯唑可湿性粉剂600-800倍液、20%喹菌酮水剂1000-1500倍液、50%氯澳异氰尿酸可溶性粉剂1500-2000倍液、77%氢氧化钠可湿性粉剂500倍液、36%三氯异氰尿酸可湿性粉剂1000-1500倍液、14%络氨铜水剂300倍液等，每7-10天1次，连续3-4次。中心发病区还可采用药剂灌根措施。
土壤消毒：每亩用47%加瑞农可湿性粉剂200～300克，在番茄移栽前2～3天或者盖地膜前地面喷雾消毒，每亩用水量60～100千克，对溃疡病起到很好的预防作用。番茄植株未发病，进行预防喷药：可用50％氯溴异氰尿酸可溶性粉剂1500~2000倍液、77％氢氧化铜可湿性粉剂500倍液、14％络氨铜水剂300倍液、47％春雷·王铜可湿性粉剂800倍液、12％松脂酸铜乳油500倍液等药剂交替喷雾预防，每7~10天1次，连施3~4次。番茄植株发病初期，及时清除病残植株并施用药剂：可用3％中生菌素可湿性粉剂600倍液、或50%春雷·王铜可湿性粉剂1200倍液，或20%络氨铜水剂500倍液，或者2％春雷霉素水剂500倍液，30%琥胶肥酸铜悬浮剂500倍液等喷雾结合灌根防治，效果较好。