防治方法：认真选地，加强田间管理，及时拔除病株，病穴用石灰消毒；整地时每667平方米施70%五氯硝基苯1千克进行土壤消毒，并施石灰氮20～25千克作基肥。控制土壤温度，防止湿气滞留；进行轮作，施行条播或高畦栽培；防止种苗在贮运和移栽过程中造成伤口，注意防治地下害虫。用50%多菌灵与利克菌1：1混配200倍液浸苗5分钟，晾1—2小时后移栽，防效高。发病初期喷淋或浇灌50%甲基硫菌灵或多菌灵可湿性粉剂800一900倍液、50%苯菌灵可湿性粉剂1500倍液。严重的可以使用抗生素。
黄芪根腐病的防治方法：合理轮作，及时清除清理土壤表面病残体，施用充分腐熟农家肥，深耕，精细整地，采用高畦覆膜栽培。严禁大水漫灌，避免雨后田间积水。注意防治地下害虫。浇水后及时松土，增强土壤透气性。发病初期可采用以下药剂防治：50%多菌灵可湿性粉剂500倍液、25%嘧菌酯悬浮剂1000~2000倍液、45%噻菌灵悬浮剂1000倍液、25%丙环唑乳油1500倍液、98%噁霉灵可湿性粉剂2500倍液、5%丙烯酸.噁霉.甲霜水剂800~1000倍液、80亿/mL地衣芽孢杆菌水剂500~700倍液等灌根，每株浇灌药液150~300mL。