为了防治大豆根腐病，可用50％多菌灵拌种，用药量为种子重的0．3％；或用多福合剂拌种(多菌灵与福美双为1∶1)，可以显著降低根腐病发病率。亦可使用灭枯灵乳油进行种子消毒。种子处理有三种方式：晒种、拌种和种子包衣。
晒种：在贮藏条件差或种子含水量较高的情况下，播种前应晒种2~3天。晾晒后，将种子摊开散热降温，再装人袋子备用。
拌种：一是进行根瘤菌拌种：在新开垦地、重迎茬地或多年未种过大豆的地块，每亩大豆种子用根瘤菌剂500克；二是微肥拌种：根据土壤微量元素缺乏情况，可选用钼酸铵、硼砂等进行拌种。钼酸铵拌种用量为每千克大豆种子拌钼酸铵2~4克，用硼砂拌种时，用量每千克大豆种子拌硼砂1~3克。
种子包衣：选用已登记的大豆专用种衣剂(如26%多克福种衣剂1：60或15%福克种衣剂1：60)进行种子包衣处理。微肥拌种和种子包衣同时应用时，应先微肥拌种，阴干后再进行种子包衣。根瘤菌应避免与酸性农药同时应用。在拌钼肥和根瘤菌肥时，应做到匀、轻，达到晾干后种子不膨胀，种皮不开裂。处理的种子当天播完，不要过夜。为了减少病虫害的发生，生产中还可用50%多菌灵按种子重量的0.4%拌种。