进入雨季前喷洒50％炭疽福美、50甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，40％多硫悬浮剂、75%百菌清或50%托布津可湿性粉剂600倍液，或1：1：160～240等量式波尔多液进行预防。一旦发现中心病株，可用25%使百克乳油1000倍液，或50%咪鲜胺锰盐(施保功)可湿性粉剂1500倍液，或60%炭疽灵可湿性粉剂700倍液，或40%炭克可湿性粉剂800倍液，或1%多氧清水剂300倍液，或68.75%易保水分散粒剂800倍液，或50%混杀硫悬浮剂500倍液，或80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，或25%炭特灵可湿性粉剂500倍液，或2%抗霉菌素水剂200倍液等药剂喷雾，每7～10天1次，连续防治2～3次。
在雨季前或发病初期进行药剂防治，隔7~10天1次，连续2~3次。发病初期喷洒40％多·硫悬浮剂600～800倍液，或80％炭疽福美可湿性粉剂800倍液、50％甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液、70％甲基硫菌灵1000倍液加75％百菌清可湿性粉剂1000倍液，隔10天左右1次，防治1次或2次。收获后及时清洁田园，与非葱类作物实行2年以上轮作，种植抗病品种。
洋葱常见病害有霜霉病、紫斑病、灰霉病和炭疽病等。霜霉病在发病初期用80%乙磷铝500倍液+64%杀毒矾500倍液、或70%甲霜灵锰锌或乙磷铝锰锌500倍液、或72%杜邦克露600－800倍液、或72.2%普力克700倍液、或绿乳铜800倍液、或特立克800倍液、或克霜氰600倍液、或75%百菌清800倍液等。紫斑病在发病初期用78%科博可湿性粉剂500倍液、或41.5%扑霉灵1500倍液、或75%百菌清可湿性粉剂600倍液、或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液、或50%异菌脲可湿性粉剂1000倍液等。
选用无病种子或进行种子灭菌，可用55℃温水浸种20~30分钟。或进行药剂拌种，可用种子重量0.3%的25%咪鲜胺锰络合物可湿性粉剂，或6%氯苯嘧啶醇可湿性粉剂，或50%敌菌灵可湿性粉剂，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂，或25%溴菌清可湿性粉剂拌种。发病初期可选用25%拢总好（咪鲜胺+多菌灵）可湿性粉剂800~1000倍液，或33.5%必绿二号（八羟基喹啉铜）1500~2000倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600~800倍液，或25%咪鲜胺锰络合物可湿性粉剂800~1000倍液，或10%苯醚甲环唑水分散粒剂2500~3000倍液。