1、首先准备好菜籽饼、一根木棍、一个带盖的能密封的开口大一些的容器，将菜籽饼碾碎后放入容器中，颗粒越小越好，往容器放入大约是菜籽饼体积3-4倍的种植土，同菜籽饼的颗粒混合，搅拌均匀，用有盖子的容器（如矿泉水瓶）倒入菜籽饼混合物后，慢慢加水用木棍将菜籽饼搅拌至半糊状，水和菜籽饼混合物的比例一般以1：7为宜，然后盖上盖子密封，放到阳台上等待发酵。
2、菜籽饼肥沤制发酵时间长短和气温有关，一般夏季需要1个月左右，冬季需2-3个月左右，水放太多会延迟发酵，放置在阳台或其他角落时，每天都要开盖检查，释放出发酵所产生的气体，开盖时要注意避免喷出。当菜籽饼不再长白毛，搅拌在一起的发酵土壤变黑，菜籽饼肥不再发臭没有味道就表示发酵好了，一般在正常的周期内，发酵时间尽量长一些会更保险，但也不是越长越好。
3、完成发酵后的菜籽饼肥要薄肥勤施，一次不可施用过多，具体的方法是沤制时如果是呈糊状，可用水稀释到1/20再浇施，或是根据浇水容器的水量来放入发酵好的相应比例的菜籽饼肥，不必刻意避开植物的根部，每次施用的时间间隔大约为20天左右。
1、菜籽饼肥是热性肥料，未经充分发酵不能直接施用，发酵分解的过程中会产生高温，容易把菜籽饼肥周围的作物根系烧死，造成烧根和肥害。
2、菜籽饼肥和沃叶氨基酸水溶肥一起用，效果更好。