由生物引起的疾病主要包括微生物病、寄生虫病、生物因素的中毒。其中微生物疾病包括病毒性疾病(如草鱼出血病、鲤鱼痘疮病等)、细菌性疾病(如细菌性烂鳃病、肠炎病等)和真菌性疾病(如水霉病、鳃霉病等),这类疾病在水产病害的发生中占有重大比例。寄生虫性疾病主要包括原生动物(如小瓜虫病、车轮虫病等)、蠕虫类(指环虫病、绦虫病等)、环节动物类(如鱼艇病)、软体动物(钩介幼虫病)和甲壳动物(如中华鳋病、锚头鳋病等)等引起的疾病,同样在水产病害中占有很大比例。生物因素的中毒性疾病,如蓝藻引起的缺氧和蓝藻毒素引起的中毒等。