尸体剖检病变与牛瘟病牛相似，病变从口腔延伸至瘤-网胃口。患畜呈现结膜炎、坏死性口炎等肉眼病变，严重者可波及硬腭及咽喉部。皱胃常见病变，而瘤胃、网胃、瓣胃较少，病变部位多有规则、轮廓清晰的糜烂，创面呈红色并伴出血。肠道可见糜烂或出血，特征性出血或斑马条纹多见于大肠，尤其在结肠直肠结合处。淋巴结肿大，脾脏有坏死性病变。鼻甲、喉、气管等处有出血斑，并伴有支气管肺炎的典型病变。
小反刍兽疫剖检变化包括：颌下淋巴结出血，气管环出血，气管内附着大量白色黏稠分泌物，肺脏心叶、尖叶出血并伴随严重肉样变，心冠脂肪、心耳、心内膜、心外膜均有出血点，脾脏肿胀、出血，肝脏轻微肿胀，胆囊充盈且内膜出血，皱胃胃底出血，小肠弥漫性出血，肠壁菲薄、内容物稀薄如水，肠系膜淋巴结严重水肿，肾脏髓质充血，膀胱内膜出血，卵巢出血，子宫有出血点，直肠内壁出血呈现斑马样条纹。