秸秆覆盖可减少地表径流量，增加地表的粗糙度，阻挡雨水在地表的流动，增加雨水向土体的入渗。同时，秸秆覆盖减少土壤侵蚀，降低雨水与土壤表层直接接触的机会，吸收下降雨滴的能量，减弱土壤侵蚀的动力来源，减少雨水对土壤的冲刷。此外，秸秆覆盖减少水分蒸发，提高土壤保墒效果，减少阳光对土壤的照射，降低土壤表层温度，阻挡水汽的上升。
秸秆覆盖还调节地温，利于微生物的繁殖和活动，促进土壤养分转化与分解；保护土壤表层，防止水土流失，抑制杂草生长；秸秆腐烂后，增加有机质和腐殖质，培肥地力；改善土壤物理性状，增加团粒结构，增加孔隙率，降低土壤耕层容重。秸秆覆盖的重要因素主要是改良土壤性状，增强土壤肥力，减少环境污染，提高农产品品质和产量，保持土壤水分，提高土壤肥力。