当玉米出现水淹后发黄的情况时，需要使用预防根腐病的农药，通常可以用70%甲基托布津800-1000倍液，或58%代森锰锌甲霜灵可湿性粉剂500倍液进行灌根处理。在暴雨之后，需要及时将玉米地中的积水排出，降低田间湿度并追肥，促使植株尽快恢复生长。一般利用雨后的晴天，叶面施用0.5%尿素＋0.2%磷酸二氢钾，混匀后每7天喷1次，连续喷2次。
水淹后，玉米容易出现不同程度的倒伏现象。倒伏较轻的玉米一般不用扶直，使其自然直立；倒伏严重的玉米需及时人工扶直并做好根部培土；茎已折断的玉米应及时清除，防止腐烂影响其他植株。若因水淹造成大面积绝收，需及时改种短季蔬菜，减少损失。
玉米遭水淹后死亡时间取决于水的深度。若水淹至穗棒以下，一般2-3天左右会死亡；水越浅，死亡时间会延长；水越深，死亡时间越快。