第一，传染病虫害。粪便中含有大肠菌、线虫等病菌和害虫，直接使用会导致病虫害传播、作物发病，对食用农产品的人体健康产生影响。未腐熟的有机物资在土壤中发酵时，容易滋生病菌与虫害，导致植物病虫害发生。
第二，发酵烧苗。禽畜粪便施用到地里后，具备发酵条件，在微生物作用下生粪发酵，产生的热量会影响作物生长，严重时导致作物死亡。未发酵腐熟的有机肥中养分多为有机态或缓效态，不被植物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被植物吸收。
第三，肥效缓慢。未发酵腐熟的有机肥料中养分多为有机态或缓效态，不能被作物直接吸收利用，只有分解转化成速效态才能被作物吸收。因此，未发酵直接施用会使肥效减慢，可能造成作物错过吸收营养时期。
第四，环境污染。农作物施肥高峰时粪便可以处理，但在施肥淡季，粪便任意堆积，风吹雨淋导致肥分流失，污染环境。
综合上述，禽畜粪便不能直接做肥料施用。粪便中含有大量病菌，如大肠菌、线虫等，直接施用有潜在风险；粪便中的营养成分如蛋白质、纤维素等不能被植物直接吸收，堆肥发酵后转化成氨基酸、有机酸、糖分、有机盐等才能被植物吸收。堆肥可用高温杀死病菌，通过微生物作用将粪便转化为稳定且易于被吸收的物质，所以新鲜粪便需要经过堆肥之后才能用作肥料。
畜禽粪便不能直接施用的原因：1.含有很多病菌、病毒、害虫等有害生物。2.施入地里会发酵产生热、氨气，会烧苗。3.畜禽粪便中残留有抗菌、抗病毒的抗生素、重金属离子等，使农产品残留有毒有害物质。因此，禽畜粪便要经过充分腐熟再用。
动物粪便中有大量的大肠杆菌、寄生虫等，直接使用容易导致病虫害传播、作物发病、污染。新鲜粪便中有大量未消化的有机质不能被作物利用，还会因发酵产生过多热量妨碍作物生长，引起烧根、烧苗。未腐熟的有机肥肥效缓慢。因为禽畜粪便含有各种寄生虫和病原菌，且偏碱性太大，必须腐熟后使用，那样能杀死寄生虫和病菌，中和碱性，粪便中的养分更容易被作物吸收。
因为畜禽粪便中含有病毒、细菌、寄生虫、未发芽的草籽等，经过腐熟发酵后，其过程中会产热，把病原菌和寄生虫和未发芽的草籽杀死。新鲜畜禽粪便由于碳氮比高，在土壤中发酵过程中产生有毒气体和热量，易对根系有害，因此，需充分发酵后才是优质农家肥。因为现在大多畜禽都饲喂了饲料，排出的粪便发酵过程中会大量放热，如果直接施用会烧苗烧根，因此需要堆沤发酵才能施用。因为粪便内可能含有病毒、有害的细菌、寄生虫等，所以不能直接还田做肥料，必须发酵无害处理后方可直接使用。