玉米柄锈菌在病株的残余组织中越冬,翌年春季冬孢子在适宜条件下萌发,产生担孢子,通过气流等媒介传播至植株,由叶片气孔侵入引发初次侵染。田间出现患病植株后,病部产生锈孢子形成夏孢子堆,散发夏孢子,通过气流传播再度侵染植株。发病后孢子在植株间扩散,导致病情加重,秋季产生冬孢子及冬孢子堆。发病前期,叶片上部主脉、两侧、基部出现淡黄色小点,散生或聚生,逐渐突起形成红褐色夏孢子堆。发病后期,病部出现黑色冬孢子堆,严重时叶片布满孢子堆,导致籽粒不饱满、植株早衰、叶片干枯。病情较轻时减产10-20%,较重时减产30%,严重时叶片从发病部位折断,甚至全株枯死。