荞麦立枯病初发时在茎基部形成红褐色凹陷斑,严重影响其生长发育,严重时会导致植株死亡,造成经济损失。该病主要发生在间苗后约半个月内,也可能在种子发芽阶段出现,表现为烂种、烂芽及缺苗断垄现象。受害种芽常转为黄褐色。