复合肥含有氮、磷、钾等多种养分，肥效长，控释复合肥在生产过程中采用包衣、造粒等工艺，使得肥效缓慢平稳，比单质化肥分解慢，大大提高利用率。作物前期对磷、钾极为敏感，要求磷、钾肥要作基肥早施，因此复合肥适合作为基肥施用。作基肥使用时一般每亩用量为30-40千克，复合肥不宜用于苗期肥和中后期肥，以防贪青徒长。
复合肥大多是按照某一区域土壤类型平均养分状况和农作物需肥比例配置而成的肥料，浓度差异较大，使用时需选择合适的浓度。市场上的复合肥有高、中、低三种浓度。一般高浓度复合肥的总养分为40%以上，中浓度为30-40%，低浓度为25-30%，需根据不同的作物、土壤、地域来选择经济高效的复合肥，以便提高肥料利用率。
高浓度复合肥主要用在经济作物上，其品质优、残渣少、利用率高，但要注意避免种子与肥料直接接触。播种时，不管是穴施还是条施复合肥，种子与复合肥需要保留5-10cm的距离，若直接与种子同穴施，会造成肥害。若是施用在花卉上，无论高浓度还是低浓度，都要注意控制用量，而且一定要与土混合，否则很容易烧根。同时使用硫酸钾型肥料，目前花卉上主要使用配肥基质与有机肥结合，尽量避免用无机复合肥。