1、轮作换茬。与豆科、禾本科、十字花科作物实行3-5年轮作,减少或杜绝辣椒根腐病发生。2、改良土壤。提高土壤有机质含量,改善土壤团粒结构,增强有益微生物活性,提高地温和保肥供肥能力。3、精耕细作。选择抗病品种,浸种处理,适时播种;高畦栽培,雨后及时排水,保护地避免大水漫灌,加大放风降温降湿。4、药剂防治。感染后使用恶霉灵加枯草芽孢杆菌、生根剂灌根;预防可用微生物菌剂侵根、灌根。5、生根壮根。施用富含可溶性有机蛋白及生根、壮根因子的肥料,改善根部环境,促进根系发育,提高养分吸收率。6、提高抗逆性。促进表皮细胞壁加厚,增强抗寒、抗旱、抗高温、抗早衰能力,抑制根结线虫发病和蔓延。