该病主要危害近成熟期至贮运期的果实。发病初期病果表面产生黄褐色至淡褐色腐烂病斑，圆形或近圆形；随病斑发展，腐烂组织表面逐渐产生白色霉层，渐变成黑褐色，霉层表面密布小黑点；病斑扩展迅速，很快导致全果呈淡褐色软腐；发病后期病斑表面布满黑褐色毛状物。主要为害果实。熟果或贮运期染病，初生浅褐色水渍状圆形至不规则形病斑，扩展很快，病部长出疏松的白色至灰白色棉絮状霉层，致果实呈软腐状，后产生暗褐色至黑色菌丝、孢子囊及孢囊梗。该菌广泛存在于空气、土壤、落叶、落果上。茄子黑根霉果腐病主要为害果实，幼果、成果均可发病。果实染病初生水浸状褐色斑，后迅速扩展到整个果实，致果实、果柄变褐软化腐败，湿度大时病部表面产生灰白色霉层，后出现黑色毛状霉，似大头针状，病果多脱落，个别干缩成僵果挂在茄株上。