当鱼塘发生倒藻之后需要将增氧设备打开，进行紧急增氧，随后进行大量的换水，白天往外排水，晚上向内加水。可以使用过硫酸氢钾进行改底，以此来改良底部的环境。当鱼塘出现倒藻的情况之后，水体中大量的藻类以及鱼苗会死亡，此时需要重新培育藻类，不仅可以改善水质，还可以为鱼苗提供天然的饵料。
适当的增加巡塘的次数，并经常关注水体变化，同时要定期监测池塘的各项水质指标。平时要定期加注新水，使用聚能菌素或者活水益生素等微生物制剂进行调水，以此来调节藻相。在遭遇到连续高温、暴雨等不良天气之后，便容易出现倒藻，因此需要多关注天气预报，并做好预防措施。