使用化学药剂控制稻瘟病是最常见和最有效的方式，主要的药剂包括苯菌灵、三环唑、异丙硫脲和抗生素(如杀稻瘟菌素和春雷霉素)。这些农药中含有植物活化剂、胆碱生物合成抑制剂和黑色素生物合成抑制剂，持续多年的使用表明，保留不同类别的化学物质以干扰稻瘟菌的抗性，对防治稻瘟病有很好的效果。
水稻稻瘟病的化学防治方法是指采用下述药物喷洒防治：所使用的药物是：75%三环唑可湿性粉剂每亩25-30g；或2%春雷霉素水剂每亩90g；或稻瘟灵乳油150毫升/亩。施药方法和时间为：喷洒，水稻破口至始穗期第1次用药，如雨水较多齐穗期第2次用药。田间施药重点应放在预防危害性较严重的穗颈瘟。在水稻孕穗末期或破口初期(抽穗5％)喷施第一次药，齐穗期喷施第二次药，每亩喷药液60～70公斤。