吴茱萸为蒴果，果实略带五棱，扁球形，直径2～3毫米，也有达5毫米者，表面绿色或黑绿色。顶端五瓣裂，基部有花萼及短小果柄。在扩大镜下观察，果实表面粗糙，皱缩，很不规则，有圆形而稍下凹的油腺。子房五室，每室内含种子1～2枚，淡黄色，富油性。果实质坚脆，具浓烈而特殊的剌鼻香气，味微苦而辛辣。用水浸泡有粘液渗出。
吴茱萸，灌木或小乔木，高2.5～8m。幼枝、叶轴、叶柄及花序均被黄褐色长柔毛。羽状复叶对生；小叶5～11，长椭圆形或卵状椭圆形，长5～14cm，宽2～6cm，上面疏生毛，下面密被白色长柔毛，有透明腺点。花单性异株，密集成顶生的圆锥花序。蓇葖果紫红色，有粗大腺点，每果含种子1粒。花期6～8月，果期9～10月。