黄瓜畸形瓜的主要成因包括花芽分化及发育阶段的水肥管理不当，如过量或不足，以及苗期遭遇的低温寡照天气。此外，激素的不当使用也是导致畸形瓜的原因之一。为预防畸形瓜，应控制氮肥用量，增加磷钾肥，补充中量元素肥料，并正确使用激素。
植株营养不足，如病虫害侵袭，会降低叶片的光合作用能力，增加养分消耗。卷须的存在仅用于攀附，人工绑蔓可减少养分浪费。花期遭遇异常天气，如高温、干旱或低温多雨，会影响授粉授精，导致畸形果。田间通风不良或极端温度也会影响果实发育，形成尖果、歪果或种子分布不均的果实。
营养和水分管理不当也会导致畸形瓜。如灌水不及时可能导致细腰果；土质薄、基肥不足或后期“攻瓜肥”过多则可能出现锤匠棒状的畸形果；植株生长差或后期衰弱、果实膨大期间水分不足易出现尖嘴果；果实形成期间灌水量过大，长势过旺，失去营养与生殖平衡，易出现细腰、大肚或尖嘴的僵果。
黄瓜受精不完全会导致果实发育不平衡，形成弯曲瓜。营养不良、摘叶或结果过多也会引起弯曲瓜。生长期间环境条件的剧烈变化，如阴天突然放晴，高温强光导致水分、养分供应不足，也会引起弯曲瓜。