烟草低头黑病是一种典型的茎部系统侵染性病害，主要侵害地上部的茎和叶片，整个生长过程中均可发生。幼苗在2-3片真叶时开始发病，初在幼茎一侧形成2-3毫米的圆形或椭圆形黑褐色斑点，并迅速向上扩展直至顶芽，形成黑色条斑，顶芽随之向有病斑的一侧弯曲，病斑一侧的叶片由下而上呈半边黄化千枯，后整株幼苗枯死，病重时苗床上大量死苗。田间多从返苗团棵期开始发病，至现蕾初期达到发病高峰，初发病时先在茎基部一侧产生椭圆形黑色斑点，斑点纵向扩展，速度极快，沿茎部形成黑褐色条斑，当条斑扩展至顶芽时，顶部随之向有病斑的一侧弯垂，故称为低头黑。叶片发病，是由靠近条斑处的叶片，由下而上逐渐发病，发病叶片呈偏枯状，即半边叶片呈褐色坏死，萎蔫干枯，枯死部分小叶脉变黑褐色，而另半边叶片短期内仍能正常生长，因此整个叶片向病侧弯曲畸形，整个病株呈典型偏枯状。剖视茎部条斑处，组织呈褐色。后期病斑上密生小黑粒点。重病株提早枯死，成片死亡，常常毁灭全田烟株。病株根部一般无明显症状。