防治玉米小斑病的方法包括农业防治和化学防治。农业防治措施有选择耐病品种、种植中或晚熟品种、茬口轮作、清洁田园、加强田间管理。化学防治则是在发病初期开始喷药，每隔7-10天喷1次，连续喷1-2次。具体药剂包括品润500―600倍、阿米西达1500―2000倍、白克或使百功1500―2000倍、纳斯津1000倍或特富灵5000―7000倍喷雾、70%康正津可湿性粉剂、53.8%可杀得干悬浮剂、70%甲基托布津可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂。
玉米小斑病的初侵染菌源主要来源于上一年收获后遗落在田间或玉米秸秆堆中的病残株，又或者是种子自带的病原体。因此，农民在收获玉米时一定要检查田间是否有遗漏的玉米秆，确保玉米秆全部拔除，减少田间的残留病原体。
治疗方法包括用70%甲基托布津可湿性粉剂500-800倍液进行喷雾防治。合理密植，实行轮作，进行合理的密植，每亩栽种800-1000株玉米苗。田间管理方面，增施磷钾肥，做好中耕除草工作。水分管理上，苗期一定要控水。高温干旱时期，应注意水肥管理，氮磷钾要平衡，浇水要及时。同时，玉米收获后要及时清理土地，加强土壤消杀，及时消除病原。