大葱霜霉病在冬季高温多雨或3—4月高温多雨年份常有发生，平均气温15℃时春秋各发病一次，尤其在4－5月降雨多时易发。连作、排水不畅、低洼地、阴地等通风不良地块病害较多，厚播、施肥过多的苗床也易发病。病害严重地块应停止种植大葱，种子需水洗后播种，苗床要稀播并适量施肥。
在发病初期，可喷洒20%噻菌酮悬浮剂500倍液，或25%嘧菌酯悬浮剂1500倍液，或68.75%霜霉威盐·氟吡菌胺悬浮剂800倍液，或60%吡唑醚菌酯·代森联水分散粒剂1000倍液，或76%丙森锌·霜尿氰可湿性粉剂800～1000倍液，或68%精甲霜灵·锰锌水分散粒剂600倍液，或69%锰锌·烯酰可湿性粉剂600倍液，或70%丙森锌可湿性粉剂600倍液，或60%氟吗·锰锌可湿性粉剂1000倍液，每隔7-10天喷洒一次，连续喷洒两三次。
大葱苗期和大葱发病初期应及时选用药剂进行防治，可选用58%甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500-700倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液，或25%甲霜灵可湿性粉剂800倍液。