西瓜病害的综合防治包括农业防治和化学防治。农业防治措施有：实行水旱轮作，收获后清除病残体，及时翻地，施用充分腐熟有机肥，发现病株及时拔除销毁，合理灌溉，雨后及时排水，控制田间湿度。化学防治措施有：种子处理，用55℃温水浸种15分钟，晾干播种或催芽播种，或用20%甲基立枯磷乳油500-700克拌种子100千克；发病初期，可喷洒72%霜脲·锰锌可湿性粉剂700倍液。
西瓜虫害的综合防治主要针对瓜蚜、潜叶蝇和小地老虎。瓜蚜防治方法包括清除田间杂草，苗期可用40%的乐果乳油1000-1500倍液喷雾，或使用30%的绝蚜农乐，或50%辟蚜雾1500倍液喷雾。潜叶蝇防治方法是在成虫发生盛期及时防治成虫，或在刚出现潜道时喷雾防治幼虫，可用40%绿菜宝800倍液，或25%爱卡士1000倍液，或40%乐果乳油1000倍液喷雾。小地老虎防治方法是用90%敌百虫0.5公斤溶在2.5-4公斤水中，喷于50-70公斤的菜叶或鲜草上，撒在瓜田诱杀，还可用敌百虫与炒过的棉仁饼或糖麸配成毒饵，傍晚撒在瓜田。
此外，推行西瓜与玉米轮种，水、旱轮种，西瓜与蒜头、葱等农作物有效间作套种，可以预防西瓜枯萎病等。对小地老虎、瓜蛆、黄守瓜可采用早春多耕多耙消灭虫卵，用糖醋诱蛾消灭成虫，用90%的敌百虫800～1000倍液浇根或加少量水拌鲜草、拌炒香的饼肥诱杀。西瓜病害主要有枯萎病，蔓枯病等，选用抗病品种，平衡施肥，辅以化学防治。虫害有蚜虫，红蜘蛛等，蚜虫用吡虫啉防治，红蜘蛛用哒螨灵防治。