1.认真检疫。对引进、串换的鸵鸟进行严格检疫和隔离观察。健康的、检疫呈阴性的鸵鸟经主要疫病如新城疫、甲型流感等疫苗接种1个月后方可入群饲养；不健康或检疫呈阳性的一律屠杀或烧毁。
2.注意驱虫。用驱虫药或杀虫剂杀灭鸵鸟体内外的寄生虫及鸟场内的蚊、蝇、虱，促进鸵鸟健康生长。
3.及时接种。免疫接种是预防和消除传染病的重要措施，分为预防接种和紧急接种。预防接种是在传染病未发生前有计划地进行；紧急接种是在传染病发生后为迅速控制和扑灭疫病流行，对疫区及受威胁的未发病动物群进行接种。接种方法包括口服、滴鼻、点眼、气雾、注射和划痕刺种等，剂量依据疫苗说明书要求，视动物种类、大小及年龄而定。
鸵鸟常见疾病包括出血性肠炎、螨虫病、新城疫、炭疽病、衣原体病、禽痘、沙门氏菌病、禽结核病、丹毒、巴氏杆菌病、霉形体病、冠状病毒性肠炎、侯杜绦虫病和组织滴虫病等。