注意消毒剂的种类，尽量避免混合使用，以防产生拮抗作用，降低消毒效能。如有需要，可单独使用某种消毒剂数日后，更换另一种消毒剂。交替使用可避免或降低病原微生物因长期接触单一消毒剂后产生耐药性。消毒只是预防疫病发生的重要手段之一，并非唯一措施。同一种消毒剂针对不同病原微生物，稀释浓度也有所不同。饮水消毒时，加大消毒剂浓度可能引起畜禽消化道菌群失调。消毒剂浓度过高会腐蚀畜禽舍内设备，浓度过低则降低消毒效能，无法达到理想效果。因此，合理使用消毒剂才能有效预防动物疫病发生。
充分了解各种消毒剂特性，平时订立消毒计划，配合季节、天气，考虑对象、场合，确保执行。不混合使用不同种类消毒剂，防止相拮抗成分反应削弱或失去消毒作用。若需使用多种消毒剂，则单独使用数日后再更换。不要长期使用单一消毒剂，每种消毒剂各具特性，能杀灭的病原种类有限。久用一种可能导致该剂无法杀灭的病原大量增殖，因此应定期更换不同消毒剂。
免疫前后1天和当天（共3天）不喷洒消毒剂，前后2—3天和当天（共5—7天）不得饮用含消毒剂的水，否则会影响免疫效果。在养殖过程中，做好消毒工作的同时，应做好环境控制、改善养殖设备，处理污水粪便，消灭蚊蝇和老鼠。