禽流感和新城疫是两种不同的疾病。禽流感由禽流感病毒感染引起，主要表现为流感样症状，包括全身系统中毒和呼吸道症状。新城疫由新城疫病毒感染引起，临床症状与禽流感相似，如体温升高、委靡不食、垂翅、冠髯发紫、口鼻分泌物多、呼吸困难、腹泻等，后期可能出现腿脚麻痹。剖检时，二者均可见腺胃、肌胃角质膜下出血，卵巢充血、脑充血，心冠脂肪出血点等病变。
区别在于：新城疫病鸡倒提时口中流出大量酸臭粘液，头部水肿少见；而禽流感病鸡头部常出现水肿，眼结膜充血肿胀，眼睑、肉髯极度肿胀，脚鳞出血。禽流感可感染鸭，但鸭不感染新城疫。剖检时，新城疫病变主要集中消化道和呼吸道粘膜出血；禽流感除消化道、呼吸道粘膜外，肝脏、肺等脏器也有出血，胰腺可能出现出血或坏死点。