黄花菜主要病害根腐病开春是黄花菜根腐病的高发期，表现为返青晚，叶片细小，根茎发黑，肉质腐烂，初发时点片发生，有明显的发病中心。轻时不抽苔，重时整穴死亡。病原菌为茄镰孢菌、腐霉菌，主要为害根部及根颈部，初期病斑为水渍状，深褐色，染病后期皮层变暗、变软、直至腐烂。地上部症状首先在主根一侧的主枝上或全株表现，最后整个植株出现黄化甚至枯死。
黄花菜常见的病害有叶斑病、叶枯病、锈病、炭疽病和茎枯病等；虫害主要有红蜘蛛、蚜虫、蓟马、潜叶蝇等。应采用综合种植管理，重点合理使用水、肥、药等。黄花菜割老叶一般在黄花菜地上叶片停止生长时进行，要齐地割掉，并烧掉枯草、烂叶，减轻来年病虫害的危害。割老叶时间为白露后。