谷子的主要病害有谷子白发病、谷子锈病、谷瘟病、谷子叶斑病、纹枯病及谷子褐条病等。主要虫害有粟灰螟(钻心虫)、玉米螟、粟茎蝇、粘虫、栗茎跳甲、粟缘蝽、蓟马及蚜虫等。此外,还有猝倒病、地下害虫、草地螟、红蜘蛛、黑穗病、粟叶甲、粟芒蝇等病虫害。