“霉根”、“小脚瘟”主要由瓜果腐霉属鞭毛菌亚门真菌侵染所致，刺腐霉及疫霉属的一些种也能引起发病。病菌寄主范围广，严重时可导致成片死苗。
羊痘病毒主要存在于病羊的皮肤、黏膜的丘疹、脓疱、痂皮内及鼻黏膜分泌物中。发病羊体温升高时，其血液中存有大量病毒。病羊为传染源，主要通过空气经呼吸道感染，也可通过损伤的皮肤或黏膜侵入机体。饲养管理人员、护理工具、皮毛产品、饲料、垫草及体外寄生虫均为传染媒介。绵羊感染绵羊痘病毒，山羊感染山羊瘟病毒。羊痘全年均可发生，但春秋季节多发，传播迅速。
绵羊中细毛羊比粗毛羊或土种羊易感染，病情较重；羔羊较成羊敏感，病死率高。气候寒冷、雨季、霜冻、枯草期及饲养管理不善等因素是发病和加重病情的诱因。