九台区境内主要河流有松花江、饮马河、沐石河、雾开河。其中以松花江流域最大，流经九台区段为松花江下游，江面宽阔，水量充沛。饮马河是松花江的一级支流，发源于吉林省磐石市驿马镇滚马岭西侧，流经磐石市、永吉县、吉林市、九台区、德惠市，在德惠市岔路口镇北注入松花江。沐石河是饮马河的一级支流，发源于九台区胡家回族乡周家村西南青石顶子山，流经九台区、德惠市，在德惠市岔路口镇北注入松花江。雾开河是饮马河的一级支流，源出吉林省九台区土门岭镇大屯山，呈西北流向，在卡伦镇东部与饮马河汇合。
九台区域的主要河流有沐石河，饮马河，雾开河等。