由于直播水稻的环境较为复杂，容易滋生病虫害。因此，在病虫害的防治方面，必须进行重点管理。1、品种选择：直播间水稻与育苗移植水稻不同，没有育苗移植的过程，需要使用根系发达、分蘖力强的水稻品种。选用抗倒伏力强的水稻品种，在直播栽培方式下，有效保证水稻种植的综合收益。此外，直播水稻在浸种前，必须进行晒种2~3天，以有效提高种子的吸水能力。种子的发芽率影响直播水稻的最终出苗率，如果发芽率低于80%，则不宜用于播种。
2、播种均匀：对于直播水稻而言，由于没有移栽的过程，因此在水稻栽培技术中，需要尽可能延迟水稻的播种时间。4月底至5月初通常为最佳时间，以有效保证水稻的高产性。在播种作业中，为了便于开展稻田栽培管理，需要一次性完成播种。由于水稻在直播过程中的根系较浅，因此种子的重量主要来自种子垂直向下。考虑到水稻播种的均匀性，播种前需要在稻田中开沟，这样既可防止水稻的倒伏，又能有效促进水稻苗的生根发芽。
3、除草管理：由于直播水稻田中有大量杂草，因此中后期除草存在较大的难度。为解决这一问题，可进行除草剂封闭处理，在播种后的1~4天，用幼禾葆进行除草作业，并对一些未进行封闭处理的田块进行茎叶处理。在3叶期至5叶期，水稻植株的根系尚不发达，可选用适用于水稻田的除草剂进行灭杀，如农美利等。在6叶期，灭草效果达到最佳。
4、病虫害防治：在直播水稻的栽培过程中，一些常见的病虫害问题，如纹枯病、稻飞虱、二化螟等，会严重影响水稻的正常生长。在病虫害防治中，应优先选用农业防治、物理防治和生物防治等措施。在采用化学防治时，应交替使用多种药剂，以提高病虫害的防治效果，避免病虫害产生耐药性。有效的水稻栽培方式，对提高水稻的最终产量起到重要作用。