基肥在整个玉米的生长期内都占有重要地位，因为施用基肥可以改善土壤结构，增加土壤肥力。施用基肥时一般主要用有机肥，有机肥的优点是含有大量的磷钾元素，施用后对环境无害，而且肥效的持续时间较长。有机肥时需配合化肥一起施用，这样可以防止缺失某种元素。根据玉米的生长特点，施用基肥时一般可以将其在全生育期所需的磷钾肥全部施入进去，氮肥的施用量则为三分之一至三分之二。
种肥是施在玉米种子附近的肥料，它可以直接被玉米种子吸收，其肥效可满足玉米在生长初期的需求，对玉米早期（苗期）的生长具有速效作用。施用种肥时可亩施500-1000公斤腐熟的农家肥、10-15公斤过磷酸钙，如果将氮肥作为种肥，则可以亩施10公斤硫酸铵或5公斤尿素。种肥还可以直接促进玉米根系的生长发育，所以为了保证玉米可以健康生长，需酌情配比适合的种肥，尤其是在未施底肥的土壤中施用种肥会有更为明显的效果。使用种肥时需注意肥料的浓度不可过高，而且肥料不能与种子产生直接接触，以防烧种、烧苗。
在玉米的生长期施用肥料即为追肥，追肥又可根据玉米的不同生长期分为苗肥、秆肥、穗肥、籽肥等，一般情况下，在整个玉米生长期内大约需要追肥3-4次，追肥时肥料一般可以选择速效化肥，通常以氮素化肥为主。