小麦茎基腐病可在返青期喷施恶霉灵、甲霜恶霉灵或戊唑醇、咯菌清等药剂控制病害扩展蔓延。防治时选择济麦22、鲁原502、良星99等抗病品种种植,或种植前用酷拉斯50毫升兑水1-1.5斤包100斤种子进行包衣。同时增施磷钾肥和锌肥,及时防治地下害虫。