当水田受到硫化氢的毒害且发生根腐病时，可以施入氯化铵、尿素、石灰氮素等无硫酸根的肥料，以减少硫酸的施入量。同时要做好水分管理，避免土壤中的硫转化为硫化氢气体，并进行浅层灌溉或间歇灌溉。若土壤中已有多余的硫且发生根腐病，需进行晒田，地面干裂后再灌水，促使硫酸尽快流失，反复操作2-3次后可减少土壤中硫酸含量，降低根腐病发生几率。
若水田排水不通畅，根系无法正常吸收养分，减弱水稻的代谢活性及抗逆性，便会形成水稻硫化氢中毒。发病后，水稻根系生长发育受阻，白根数量少，根系短且呈黄褐色甚至黑色，严重时会出现根腐，有时还能闻到硫化氢气味。由于地下部根系生长不良，水稻地上部也会逐渐出现中毒症状，老叶先黄化衰败，逐渐向新叶发展，严重时植株会枯死。
水稻硫化氢中毒的原因包括使用过量的硫化肥及有机肥料（尤其是未腐熟的有机肥料），或土壤耕作管理不善，阻碍根系吸收营养的能力。