利用沼气肥养鱼，具有肥效高、耗氧低、浮游生物繁殖快、鱼类生长快、鱼病少、鱼肉无异味、成本低、操作方便等优点。
掌握沼气肥效高的时间：一般来讲，沼气池大换料后，经过一个月，沼气肥所含的速效氮、磷等达到高峰。将此时的沼气肥施到鱼塘中，能发挥最大效益。
将沼气肥的肥渣作为基肥，肥水作为追肥：沼气肥是速效性肥料，在施用上应掌握“量少次多”的原则。一般是每天施一次，如天气炎热，水色透明度在25厘米以下，就应隔一天或几天施放一次。
鱼塘与沼气池的面积要配套：鱼塘与沼气池的面积比以100：0.2-0.3为宜。分设几个沼气池，以便轮换使用，避免产生鱼塘过肥或沼气肥过剩的现象。