牛羊包虫病是一种寄生虫病，应严格按照寄生虫病的预防措施进行防控。不同地区根据具体情况采取放牧预防、饲喂预防、舍饲环境控制预防、按期药物预防等措施。搞好环境卫生，严格消毒，避免食用被多头蚴污染的饲料，定期驱虫。加强流行区犬的管理，野犬应一律灭绝，家犬严加限制，必用的牧羊犬、猎犬或警犬必须挂牌建档登记。
加强饮食卫生和个人卫生，不玩狗、勤洗手、不吃生食和生肉、不喝生水。接触狗、狼及狐狸后，饭前、便后要用肥皂和清洁水洗手。患病牛羊的肝、肺等内脏必须集中焚烧或挖坑深埋，切忌喂狗。每月定期给狗驱虫，驱虫后5天内的粪便进行深埋或焚烧处理，防止污染环境。
牛脑包虫病的预防重点是避免牛食用感染多头蚴的牛饲料。养殖人员需加强对牛饲料的检测，严格控制管理牛食用饲料。驱逐养殖厂区周边的狼等肉食性动物，避免其粪便污染牛饲料，保证饲料安全。对于已出现明显患病症状的牛类，可统一销毁。处理过程中对患病牛严格管理控制，防止虫卵扩散造成大范围感染。饲养人员可定期注射牛包虫病预防疫苗，抑制虫卵发育。