农业生产中造成的污染主要有：过量施用农药、化肥，随意丢弃地膜，焚烧秸秆，随意排放废弃物等。这些污染具有位置、途径、数量不确定，随机性大，发布范围广，防治难度大等特点。随着畜牧业规模扩大，牲畜粪便造成的农业污染也日益严重，许多大中型畜禽养殖场因缺乏处理能力，随意将粪便倒入河流或堆放，导致水体污染、地下水渗入及氧气消耗，影响水中微生物生存。农业污染对水环境、土壤环境等造成恶劣影响，导致地下水质恶化，破坏土壤结构，降低土壤肥力，长期影响土壤生物进程。
农业生产经营者应改进施肥方式，科学合理施用化肥，按规定使用农药，减少氨、挥发性有机物等大气污染物排放，禁止在人口密集地区喷洒剧毒、高毒农药。畜禽养殖场、养殖小区需对污水、畜禽粪便和尸体进行无害化处理，避免排放恶臭气体。地方政府应划定区域，禁止露天焚烧秸秆、落叶等产生烟尘污染的物质。农业污染若严重，将造成无法估量的经济损失，导致农作物减产、质量下降、口感降低，甚至某些地区农作物无法继续生产。