向日葵菌核可以在土壤中、病残体及种子间越冬。种子内的菌丝及种子间夹杂着菌核也是该病的主要初侵染源之一。种子带菌率一般在3-13%之间。带菌的种子播种后，轻者可浸染幼苗根部或根茎部形成根茎腐型症状，重者可以导致向日葵幼苗的死亡。土壤中残留的菌核在一定的湿度条件下可以直接萌发形成菌丝，并通过直接或伤口处侵入的方式来浸染向日葵根茎部，造成典型的根茎腐症状。当土壤中的温度为20℃、相对湿度为80%时，菌核最易萌发形成子囊盘。子囊盘中的子囊孢子弹射出来后，能够随风、气流传播到向日葵的茎或花盘造成茎腐及盘腐症状。当发病部位形成菌核成熟后，又可以落入土壤中作为来年的初侵染来源。
通过风、雨、鸟、虫传播侵染。
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