在使用孵化器时，第一次使用和第二次使用的流程是相同的。首先将孵化器内的水箱填满至MAX水位线，然后在温水中加入几滴小苏打和清洁剂，接着用软布轻轻擦拭种蛋表面进行清理和消毒。使用消毒喷雾对种蛋进行喷洒消毒，消毒完毕后，使用吸水毛巾轻轻擦去蛋表面的消毒液和水滴。准备孵化时，用温度计测量蛋的孵化温度，通常设置在37°C至38°C之间。上蛋时需将孵化温控度调整至所需温度，确保蛋大头朝上摆放。
稳定环境后，继续进行孵化过程。第二天或第三天对蛋进行检照，目的是检查蛋的孵化情况，包括是否受精、是否有裂纹破损，以及标记蛋的摆放位置符合孵化要求，使雏鸡出壳方向一致。前17天每天需要翻蛋三次以上（大型孵化机不需要人工翻蛋），确保蛋全方位吸收热能，不粘壁，促进胚胎发育。平时可对蛋进行轻微喷水，但不应该有过多的水珠滴下。每三天左右对蛋进行检照，挑出无精蛋或胚胎停止发育的蛋，避免其死胚在孵化过程中变质，影响其他正常胚胎发育。常用消毒剂有酒精、烟熏和喷雾等。消毒时，蛋的表面不可有水珠，并且不能对蛋进行喷雾，最好有专门的消毒箱或消毒室，以避免胚胎手消毒剂的影响。