追尿素在雨后施用效果较好。雨后土壤潮湿，尿素溶解后能迅速渗透到土层中，发挥肥效。尿素作追肥应在作物需氮临界期和肥料最大效率期使用，不宜过早或过晚。施入尿素后不宜立即浇水，否则尿素会迅速溶解并渗入土壤深层，作物根系无法吸收，造成浪费和利用率降低。尿素不宜撒施在土壤表面，常温下需4-5天转化才能被利用，大部分氮素会在氨化过程中挥发，实际利用率仅30%左右，尤其在碱性土壤中损失更多。建议采用沟施或穴施，施后盖土深度以10-15cm为佳。
尿素施用时间可以是早晨或傍晚，雨后或阴天使用较为适宜，避免晴天中午施用。尿素应配合磷肥或其他化肥使用，以满足作物对各种养分的需求并发挥肥料协助作用。尿素使用后需转化为氨态氮才能产生肥效，氨态氮在碱性条件下易挥发，因此尿素不能与石灰、草木灰、钙镁磷肥等碱性肥料混施或同时施用。夏秋季节尿素与碱性肥料应错开3-4天施用，冬春季应错开7-8天。
尿素在生产过程中会产生少量缩二脲，含量超过2%时会对种子和幼苗产生毒害，使蛋白质变性，影响种子发芽生长，因此不适合作种肥。若必须作为种肥施用，应避免种肥接触并控制用量。