母猪是本病的主要传染源，其次是发病仔猪。病菌通过粪便散布于外界，污染母猪皮肤和乳头，仔猪吸吮或舔母猪皮肤时，通过消化道感染。如果母猪初乳中缺少对该病的抗体，病菌就可在乳猪小肠黏膜上定殖，产生病毒。发病原因主要是由于饲养管理不当、环境不适宜或疾病学因素造成的，包括产房、仔猪栏污染、寒冷、潮湿；气候突变；母猪疾病；仔猪营养不良，贫血、缺硒等。母猪携带致病性大肠杆菌也是发病的重要因素。
猪仔黄痢的一个主要原因是其肠胃消化功能发育不健全；另一个主要原因是母猪饲养管理较差；其次是由于天气突然发生变化，如温度急剧降低，加之没有对猪仔及时加强保暖，就非常容易导致猪仔黄痢。春季气候多变，温度过低时，由于初生仔猪自身抵抗力弱，不能抵御低温严寒，防护措施不到位就容易导致仔猪黄痢。猪舍环境阴冷潮湿，加上卫生清洁工作不到位，就会容易滋生病菌，仔猪感染进而出现黄痢现象。母猪体内存在大量致病性大肠杆菌，仔猪吃奶时就会很容易感染上细菌。仔猪断奶会刺激仔猪机体，使其抵抗力下降，引起肠胃功能紊乱，各种消化酶活性减弱，促进大肠杆菌在肠道内不断繁殖积累，从而产生毒素，危害仔猪健康。