由于本病不引起死亡，所以无明显的内脏病理变化。
组织学检查，病变始于棘细胞层上皮，细胞间桥伸长和细胞间隙扩张形成海绵样腔，使细胞变小并彼此分离，腔内充满液体，随着腔的融合而形成水疱。在水疱中有胞浆破碎的感染细胞、外渗的红细胞和以嗜中性粒白细胞为主的炎症细胞。病变可累及到基底层细胞和真皮层上部，呈水肿和炎性变化。在水疱破裂后，存留的基底层再生上皮向中心生长，最后修复。镜下细胞的主要表现为棘细胞间水肿，棘细胞中层细胞坏死。坏死细胞浆呈强嗜酸性，核浓缩。在黏膜上部的水肿区，特别是坏死区见炎性细胞浸润。
电镜超微结构观察，表现受害的角质细胞内含有很多桥粒，胞浆内出现空泡，胞浆中张力原纤维减少，胞膜变厚，胞浆皱缩，胞浆间桥变得明显，常见球形或三角形胞浆碎块以桥粒与包膜相连，在游离角化细胞周鬧有嗜中性白细胞、细胞碎屑和液体围绕。